Meriliikenne on suuri saastuttaja varsinkin rikki- ja typpipäästöillä mitattuna. Tästä huolimatta meriliikennettä tuetaan Suomessa monin tavoin. Kauppa-alukset välttyvät laajalti muun muassa henkilöstön vero- ja sivukuluista. Lisäksi alusten käyttämä polttoaine on verotonta, mikä on kansainvälinen meriliikenteen käytäntö.
Maailman yhteenlasketun meriliikenteen kasvihuonekaasupäästöt arvioitiin olevan jo vuonna 2012 noin 961 miljoonaa tonnia hiilidioksidiekvivalenttia. Tämä on valtava määrä päästöjä. Jos tämän luvun suhteuttaa koko Suomen vuosittaisiin hiilidioksidipäästöihin, kyse on noin 16-kertaisesta summasta.
Päästöt ovat kasvu-uralla. Kansainvälisen merenkulkujärjestön IMO:n ennusteen mukaan päästöt saattavat kasvaa 50-250% vuoteen 2050 mennessä. Tämä tarkoittaa, että merenkulun päästöt saattavat ylittää 2 400 miljoonaa tonnia hiilidioksidiekvivalenttia vuonna 2050.
Meriliikenteen osuus maailman kokonaispäästöistä ovat hiilidioksidin osalta noin 2 %, eli suurin piirtein saman verran kuin lentoliikenteen osuus. Rikki- ja typpipäästöjen osalta osuus on huomattavasti suurempi, 13 % ja 15 %.
Yltäminen Pariisin ilmastosopimuksessa sovittuihin tavoitteisiin edellyttää päästöjen vähentämistä kaikilla ihmisen toiminnan osa-alueilla. Tämä tarkoittaa, että meriliikenteen päästöjä on tavalla tai toisella saatava pienennettyä ennen pitkään.
Yhtä aikaa meriliikennettä tuetaan Suomessa erilaisten yritystukien avulla. Varustamot saavat valtiolta kymmeniä miljoonia euroja tukea palautettujen henkilöstökulujen kautta. Tämän niin kutsutun kauppa-alustuen suuruus on Liikenne- ja viestintäministeriön selvityksen mukaan valtakunnallisella tasolla reilut 80 miljoonaa euroa vuodessa, esimerkiksi 89 miljoonaa euroa vuonna 2016.
Suomen kauppa-alukset hyötyvät tämän lisäksi myös aluksilla tapahtuvan anniskelun ja tuotemyynnin arvonlisäverottomuudesta ja valmisteverottomuudesta. Aiemmin mainittu Liikenne- ja viestintäministeriön selvitys arvioi näiden hyötyjen suuruudeksi 94 miljoonaa euroa arvonlisäverottomuuden osalta ja 90 miljoonaa euroa valmisteverottomuuden osalta.
Yritystukien lisäksi kansainvälinen laivaliikenne nauttii myös edullisesta polttoaineen verotuksesta. Alusten käyttämä polttoaine on maailmanlaajuisesti valmiste- ja arvonlisäverotonta. Edullinen polttoaine on omiaan hidastamaan polttoainetehokkuutta kohentavien innovaatioiden käyttöönottoa.
Kansainvälisen merenkulun osalta kyse ei teknisesti ole tuesta, vaan kansainvälisestä käytännöstä. Käytännöt ovat kuitenkin ihmisten luomia, eikä niitä ole mahdotonta muuttaa. Siksi olisi pidemmällä aikavälillä syytä tarkastella kansainvälisen merenkulun polttoaineen verotusta ja pohtia, olisiko sitä mahdollista uudistaa kestävämpään suuntaan.
Meriliikenteen päästöistä koituu lisäksi niin sanottuja hinnoittelemattomia ulkoisia kustannuksia Suomelle, joiden suuruusluokaksi liikenne- ja viestintäministeriö on selvityksessään arvioinut noin 138 miljoonaa euroa vuodessa.